学院现有教职工党支部、学生党支部、分团委等3个党团机构；设有教务科、实验科、学生科、综合科等4个管理机构；设有会计教研室、财务管理教研室、审计教研室等3个基层教学组织。为加强科研工作，学院设立有南宁学院应用财税经济研究所（带头人：蓝常高，覆盖财税经济专业）和南宁学院智能财务共享研究所（带头人：伍瑞斌，覆盖会计学、财务管理、审计学专业）两个校级科研平台。